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Motagua es uno de los clubes más grandes de Honduras, el acérrimo rival del Olimpia y el único que le ha ganado más finales.
Pero la historia del Ciclón Azul se remonta desde muy atrás. En 1968 el Ciclón ganó su primer campeonato en Liga Nacional de la mano del entrenador Rodolfo "Popo" Godoy.
Salvador Dubois, Marcos Banegas, Nelson Benavidez, Alfonso Navarro y Oscar “Martillo” Hernández eran entre otros parte de ese equipo. Dos años después (1970) el azul profundo logró su segundo campeonato, con el entrenador Carlos Padilla (QDDG) al frente del equipo.
Un 11 de septiembre de 1973 llegó el tercer campeonato de Motagua, tres años después nuevamente con Padilla en el banquillo alzaron el título.
1978; en su 50 aniversario, las Águilas celebraron su cuarta copa al vencer en las dos finales a los aurinegros del Real España.
¡13 años de sequía!
En 1992 después de una larga racha de intentos fallidos, el club coronó su quinto campeonato. Una histórica noche donde terminó la frustración del equipo y sus aficionados.
Además, Motagua siguió viendo el sol cuando en 1998 logró obtener su primer Bicampeonato, logrando llevarse su sexta y séptima copa. En la apertura 1997-1998 los azules se llevaron el triunfo ante el Real España, seguidamente fue el torneo de clausura donde vencieron al Olimpia.
Apertura 1999-2000 Clausura 2000
Una nueva conquista de un Bicampeonato, donde el Motagua de nuevo se enfrentó a los merengues y esta vez en fase de penales y de esa manera logró su octavo campeonato en Liga Nacional.
Asimismo, en la Clausura 2000 frente al mismo rival y mismas circunstancias, en penales y siendo la figura de ese partido Hugo Caballero, Motagua aseguró su novena corona.
Torneo Apertura 2001
Motagua y Marathón, los dos mejores de ese torneo, llegaron a disputar la final y siendo la gran figura en penales Noel Valladares. Motagua le regala a la afición su décimo campeonato.
Torneo Apertura 2006
Con el regreso del Primi Maradiaga y con el eterno rival para la disputa de una nueva copa, Motagua conquistó su décimo primer cetro en el Estadio Olímpico de San Pedro Sula en una final inolvidable para el Águila.
Torneo Clausura 2010-2011
Cerrando el torneo en segundo lugar de la tabla de posiciones con 31 puntos, un 16 de mayo Motagua lograba vencer 3-1 al Olimpia. De esa manera el Ciclón Azul sumó su copa número 12
Este título fue el último título del capitán Amado Guevara vistiendo la camisa del Motagua.
La era de Diego Vázquez
Torneo Apertura 2014-2015
Siendo el segundo torneo de Diego Vázquez al mando de Motagua, un 20 de diciembre de 2015 y con un golazo de cabeza de Rubilio Castillo, Motagua adquirió su copa 13.
Puerto Cortés de azul profundo
18 de diciembre de 2016 Motagua se disputaba la gran final contra Platense en Puerto Cortés, donde celebró en casa ajena su decimocuarta copa.
Torneo Clausura 2016-2017
El 28 de mayo de 2017, el Estadio Nacional se vistió con las mejores galas para presenciar como el Ciclón sumaba a su historia el campeonato número 15.
Copa 16
Con un global de 2-1 un 16 de diciembre de 2018 el nacional se pintó de azul ante el Olimpia, donde el equipo de Diego Vázquez nuevamente se llevaba la final.
Bicampeón
El Motagua se coronó bicampeón en 2019 tras vencer 1 por 0 al Olimpia y con un global de 3-2 el ciclón aseguró su decimoséptima copa y hasta entonces la última.
Desde entonces Diego Vázquez sigue en la historia del azul profundo.
